La CEAF se structure autour du conseil spirituel, son organe d’inspiration. L’exécution, sous la responsabilité du conseil d’administration, est confiée au bureau. La coordination des activités des différents départements est assurée par le secrétariat général.
Les pasteurs, structurés autour de la commission des ministères, font partie d’un ordre. Ils se réunissent en pastorale une fois par mois pour leur concertation et consultation.
Congrégationniste dans son ecclésiologie, le conseil spirituel est la prise en charge concrète de cette réalité dans le fonctionnement administratif de la CEAF. Il est la traduction, à la tête de l’organisation, d’une participation effective des églises membres à la conception comme à la réalisation des décisions, des projets. Il est le lieu de l’implication concrète des dirigeants en vue de s’assurer de l’engagement des églises membres dans les décisions de la CEAF.
Composé des pasteurs responsables des églises membres, une cinquantaine d’entre eux y participent. Lieu de concertation, d’échanges et de tri, il est le point de départ. Les idées, visions et avant-projets s’y expriment librement. Ceux retenus par vote majoritaire sont envoyés au Conseil d’Administration pour toilettage et transformation en projet à réaliser. Ceux-ci sont alors soumis à l’Assemblée Générale avant d’atterrir au département concerné pour réalisation.
Véritable laboratoire, il est le lieu où tout se construit. Il se charge aussi de la préparation de l’Assemblée Générale, organe suprême de la CEAF. Le Conseil comprend 24 membres élus répartis en 6 groupes : 6 pasteurs, 4 chefs de département, 4 techniciens laïcs, 7 membres du Bureau, 2 responsables de commissions, le président du Conseil Spirituel.
Il se réunit une fois le trimestre pour évaluer l’activité de la CEAF. Il joue tout à la fois le rôle de contrôle et de conseil pour le bureau qui est chargé de l’exécution quotidienne.
